因为他坚守长兴的非凡功绩，洪武三年，朱元璋大封功臣时，特地封耿炳文为长兴侯，以示纪念。耿炳文同时还是洪武末年武将中幸存下来的寥寥数人之一。依朱元璋的个性，凡是对他和他的皇位以及他的子孙构成威胁者，他一概本着宁错杀，不放过的原则，不管功劳多大，交情多深，统统举刀相向。之所以放过了耿炳文，可能就是因为他看出进攻战绝对不是耿炳文的强项，不会危及他的江山。作为防御战略，朱元璋在全国各地布满了由藩王构成的防御网，在他的心目中，是不用担心外来入侵的。不过留下耿炳文也没什么坏处，反倒相当于多了一道保险，何乐而不为呢？

朱元璋留下的保险终于派上用场了。不过很可惜，建文帝给耿炳文安排的任务恰恰是他不擅长的进攻战，而且要对阵的是朱棣这样一个当时大明朝最优秀的野战骑兵统帅。以己之短，攻敌所长，未及交手，建文帝就先输了一筹。

但是耿炳文已经是当时朝廷数来数去唯一能拿得出手的大将了。耿炳文勉为其难，却也是当仁不让。要怪就只能怪朱元璋做事太过毒辣，竟将身边一同打天下的那批能征善战的猛将杀得一干二净，结果到头来，他的孙子连个合适的统帅都找不到。朱元璋若泉下有知，不知会不会后悔当初自己杀得太多，做得太绝？

前面已经提过建文帝的弱点是仁弱而好名。现在火烧眉毛，燕王朱棣不甘心当燕王，已经起兵造反了，建文帝还想给自己留个好名声。在耿炳文率兵出发前，建文帝跟耿炳文及全体北伐将士说了一句对他自己和朱棣都至关重要的话。

这不过是一句很简单的话，你们千万不要让我背上杀害叔父的恶名啊（勿使朕负杀叔父名）。估计耿炳文和他手下的将士听到这句话当时就蒙了。

这叫什么话？两军交战，乃是生死相搏，不是小孩们玩的游戏。兵凶战危，刀枪无眼，死伤在所难免。两军恶斗，谁还能顾得上什么不去伤害燕王？

如果说要将燕王活捉，这件事虽然有一定难度，倒是可以一试，但是要一点不伤害燕王朱棣，这怎么可能？除非是燕王朱棣或建文帝其中一方弃械投降，或者朱棣自觉地找个安全的地方一直躲着不出来，否则这不是痴人说梦吗？

建文帝和燕王谁都没有投降，燕王也没有躲起来做缩头乌龟，相反在靖难之役中他保持了他的一贯风格，多次身先士卒，冲锋在前。

建文帝的士兵估计一直都没想明白建文帝的意思，因为这和建文帝刚刚发布的诏令的冲突太大了，以至于这些士兵完全摸不着头脑，无所适从。建文帝在公告天下的诏令中酣畅淋漓地数落了燕王的罪行，第一，燕王在太祖时期就多有不法之事，例如包庇罪犯、私印钞票、图谋不轨等等。第二，朱元璋病死，乃燕王导致，是为不孝。第三，燕王勾结周王、齐王、湘王等图谋叛逆，建文帝数次宽恕，却不知悔改。第四，起兵作乱，危害宗社。（国家不幸，骨肉之亲，屡谋僭逆。去年周庶人橚潜为不轨，词连燕齐湘三王，皆与同谋。朕以亲亲之故，不忍暴扬其恶，止治橚罪，余置不问。今年齐王榑谋逆事觉，推问犯者，又言与燕王棣湘王柏同谋大逆，柏知罪自焚，榑已废庶人。朕以燕于亲最近，未穷其事。今乃忘祖逆天，称兵构祸，意欲犯阙危宗社，悖逆如此，孰不骇闻。昔先帝时，棣包藏祸心，为日已久，印造伪钞，阴结人主，朝廷穷极藏匿罪人，先帝震怒，遂以成疾，至于升遐，海内闻知，莫不痛忿。今不悔过，又造滔天之恶，虽欲赦之，而获罪宗社，天地不容，已告太庙，废为庶人。义不容赦。遣长兴侯耿炳文率兵三十万往讨其罪。咨尔中外臣民军士，各宜怀忠守义，奉职平燕，与国同心，永安至治。布告天下，咸使闻知。）燕王如此重罪，建文帝反倒不让伤害燕王分毫，这确实令人迷惑不解。

但是理解要服从，不理解也要服从，这些士兵还是严格地遵守了建文帝的要求，没有陷建文帝于不仁。战事不利时，建文帝的士兵是逃命逃命再逃命，自然不用考虑燕王的安全问题；两军相持不下时，建文帝的士兵是小心小心再小心，生怕伤到燕王分毫；南军占上风时，建文帝的士兵是克制克制再克制，强忍心中一箭将燕王射落马下的念头。在建文帝手下当兵可真不容易啊。

朱棣可不会领建文帝这份人情。因为有了建文帝的这个命令，朱棣多次化险为夷，绝处逢生，直到夺了建文帝的江山宝座。最令人目瞪口呆的一个事例发生在建文三年三月的夹河之战。燕王有带少数人外出的习惯，这天晚上他只带了十几个人来到南军营寨边上野营（这不是吃饱了撑的吗？），第二天早晨起来一看，四周已经都是南兵。朱棣故作镇定地起身，牵马，上马，穿营而去。南军诸将士兵因为建文帝的命令，竟然不敢上前动手，也不敢将朱棣一箭射下来。朱棣居然就此逃脱，估计他也想不到自己竟然还能毫发无伤地活着回来。建文帝也算是朱棣造反成功的大功臣了。。