主相相持而孕育纠纷，淝水战后逐渐显露。

孝武帝与司马道子，都是简文帝宫人李氏所生。简文诸子或夭或废，诸姬绝育将近十年。孝武帝及道子的诞生，《晋书》卷三一《孝武文李太后传》言之甚详；先于此者，《异苑》1、《幽明录》2、《太平经》3以及《真诰》皆有说，虽涉神异，亦见传闻之广。孝武帝及司马道子既是亲兄弟，又同具有诞育于天师道的环境中、后来又皆兼信佛教的宗教背景。孝武帝近亲中，父辈皆死，兄弟辈只余道子一人。所以孝武帝引道子握相权以为辅佐，是势所必至，理所固然。以后主相之间出现矛盾，后妃族党及僧尼之属又拨弄其间，但有太后周旋制约，终于使孝武帝不废黜道子，道子亦不危及孝武帝。终太元之世，孝武帝与道子始终维持着虽相依维、复有矛盾的关系，这种关系，正是时局虽然纷坛坦迄无内战的原因之一。

时局纷纭的另一原因，是孝武皇后家太原王氏王蕴之子王恭以及道子妃家太原王氏王坦之之子王国宝等，分别支持主方和相方，簸扬其间。而太原王氏正是此时居于鼎盛地位的士族。《宋书》卷三一《五行志》“太元中小儿以两铁相打土中，名曰斗族。后王国宝、王孝伯一姓之中自相攻击也。”史家但知太原王氏两支中王恭、王国宝相攻击事，而未尝究及二王背后尚有后妃，后妃背后尚有主相，纠纷盘根错节，既复杂又深远也。

孝武帝纳王蕴之女为后，在宁康三年，孝武年十四。纳后之事，得到当时主政的两大家族的代表桓冲及谢安的支持，无疑具有政治婚姻的意义。《晋书》卷三一《孝武定王皇后传》谓孝武将纳后，访于公卿，谢安谓人曰：“若帝纳后，有父者唯荫望如王蕴乃可。”《太平御览》卷二四三引《晋中兴书》亦谓谢安之言曰：“王蕴地望，可与国婚。”至于桓氏意见，《孝武定王皇后传》引桓冲等为孝武纳王皇后事奏曰：“盛德之胄，美善先积，……可以配德乾元，恭承宗庙”云云，“于是帝始纳焉”。皇帝纳后而谘之于多家当权士族，经一致推举，始成婚姻，这在东晋是仅见的。谢安、桓冲等一致举以应选的是太原王氏，这自然是估量了当时各士族门户势力的结果。至于谢安明确地举以为国婚的并不是太原王氏炙手可热的王坦之之后，而是王蕴之后，这似乎有令人深入思考的余地。

太原王氏两支，均有国婚记录：王述从妹为简文帝皇后，王蕴姊妹为哀帝皇后1。王述子王坦之于简文、孝武之际有大功勋，按理，以举王坦之后人入皇后之选为得。桓冲所奏王后“盛德之胄”，与前节引《群辅录》王坦之父祖以上“五世盛德”相照应，似是模棱之词，因为王蕴数代以名士闻，而不闻有盛德之誉。所以桓冲之奏表面上虽然支持了谢安，却又暗含以王坦之后人入皇后选为宜的主张。可以说孝武帝册立王蕴之女为后之事，实际上的决定者是谢氏而非桓氏。

谢安不愿立王坦之后人为皇后，似乎还有家族关系的背景。王坦之之子王国宝为谢安婿，谢安恶王国宝为人，抑之不用，而重王蕴之子王恭，谓其“人地可以为将来伯舅”，见《晋书》卷八四《王恭传》。王氏二支之间亦有嫌隙。王恭少与王坦之之子王忱齐名友善，据《王蕴传》，王蕴在会稽，王忱来拜墓，王恭往省王忱，归，“蕴曰：‘恐阿大非尔之友。’阿大，忱1小字也。后竟乖初好。”这是淝水之战以前的事。以迹象度之，谢安举王蕴女入皇后选，目的即在抑制王坦之家族。王坦之家族未得入皇后选，却得与会稽王司马道子为婚，道子妃即王国宝从妹。此后，孝武帝与司马道子主相之间亦即兄弟之间的复杂关系，遂演化为皇后、王妃家族亦即太原王氏二支之间的生死搏斗，这自然是谢安无从预料的。

司马道子昏乱而本已势倾天下，袁悦之更劝司马道子专揽朝政，王恭乃请孝武帝杀袁悦之。《世说新语·谗险》注引《袁氏谱》曰：孝武帝托以它罪杀袁悦之于市中，“既而朋党同异之声，播于朝野矣。”主相之间的矛盾由于袁悦之被杀而公开化了，据《通鉴》，这是太元十四年十一月的事。