l禅海蠢测　（1955）

2楞严大义今释　（1960）

3楞伽大义今释　（1965）

4禅与道概论（1968）

5维摩精舍丛书　袁焕仙　南怀瑾合著　（1970）

6禅话　（1973）

7静坐修道与长生不老（1973）

8论语别裁　（1976）

9习禅录影　（1976）

10新旧的一代（1977）

11参禅日记（初集，原名：外婆禅）　金满慈著　南怀谨批（1980）

12参祥日记（续集）　金满慈著　南怀谨批　（1983）

13定慧初修　袁焕仙　南怀瑾合著　（1983）

14孟子旁通（一）（1984）

15净名庵诗词拾零·佛门楹联廿一副·金粟轩诗话八讲（1984）

16观音菩萨与观音法门（1985）

17历史的经验（一）　（1985）

18道家、密宗与东方神秘学（1985）

19中国文化泛言（原名：序集）（1986）

20历史的经验（二）　（1986）

21禅观正脉（上）（1986）

22一个学佛者的基本信念——华严经普贤行愿品讲记　（1986）

23老子他说（上）（1987）

24中国佛教发展史略述（1987）

25中国道教发展史略述（1987）

26易经杂说——易经哲学之研究（1987）

27金粟轩纪年诗初集　（1987）

28如何修证佛法　（1989）

29易经系传别讲　（1991）

30圆觉经略说（1992）

31金刚经说什么　（1992）

32药师经的济世观（1995）