比较起战场上的节节胜利，在战场之外，作为团练大臣的曾国藩却因为不断遇到麻烦而深陷烦恼。庞大而腐朽的制度无法在战争中快速运转，一直像一个昏聩的老人一样，无法行动敏捷，这一点，让曾国藩头痛不已。这时，湘军已经因其优于八旗、绿营的战斗力争得了合法地位，曾国藩也以汉族团练大臣的身份取得了带兵的权力，但这些都是非常时期的既成事实。曾国藩一直没有抚督的实职，带兵还是“名不正言不顺”。这样的尴尬局面，使得曾国藩在与地方各级官员的协调中，不得不耗费更多的精力；甚至，还在很多关键时刻遭受说不清道不明的抵触和对抗。这些，是最让曾国藩伤脑筋的事情，如果地方的关系不能理顺，接下来的局面会非常困难。曾国藩清楚地知道，这一切都是因为朝廷并不信任自己，自己在朝廷的眼中，只是一个冲锋陷阵的“替死鬼”。那些掌握朝廷大权的满族贵族是最忌讳汉臣掌握实权和兵权的。当年，朝廷让江忠源担任安徽巡抚，胡林翼为湖北巡抚，就是不肯将地方官的大印交给曾国藩，也是基于这样的考虑。这些人，都是排在曾国藩之后的湘军人物。他们受命之时，手上并没有像曾国藩那样拥有数万军队。一个人，如果手上控制着数万军队，又掌握着地方大权，在这个摇摇欲坠的朝廷看来，肯定是一件要命的事情。

让曾国藩哭笑不得的事还有：当曾国藩率领湘军出衡阳，席卷两湖，接连获胜进逼武昌之时，那个喜欢风花雪月的咸丰皇帝竟发出了这样一道上谕：“塔齐布、曾国藩奏水陆官员大获胜仗一折，办理甚合机宜。塔齐布着交部从优议叙，曾国藩着赏给三品顶戴，仍着统领水陆官员，直捣武汉……”接到圣旨，曾国藩无比尴尬，数年前在京城之时，曾国藩就是显赫一时的“二品侍郎”，而此时，却赏给他“三品顶戴”，这样的错误，真像是咸丰皇帝在跟他私底下开玩笑！读着这样的上谕，曾国藩心里一直不是个滋味，如此的常识错误，说明在皇帝的心目中，根本就没有他。好在曾国藩一直“忍辱负重”，更多的时候，他考虑的倒并不是自己的前程，而是全力拯救危亡的“道统”。因此，对于如此“幽默”，曾国藩也懒得去计较。更多时间里，曾国藩的湘军就像一辆高速行驶的车辆一样，只是依靠惯性在运行，车轮下的摩擦力不谓不大，但这辆车已全力冲刺，尘埃飞扬中，明显地已刹不住了。

1854年10月，曾国藩的湘军第一次攻下武昌，攻城行动可谓摧枯拉朽，湘军只用了短短的四天时间，伤亡只有两百多人。相比之下，太平军损失船舰两千余艘，丧师数千。这次战役在帝国一片溃败的战局当中，无疑一抹亮色。对战局几近绝望的咸丰皇帝获悉这个消息后，欣喜若狂。一开始，咸丰皇帝甚至不敢相信自己的耳朵，以为自己听错了，反复问询之后，仍是半信半疑。直至曾国藩的奏折呈到，白纸黑字之下，咸丰方才确信胜利。咸丰这一回的圣旨有点“靠谱”了：下令赏给曾国藩二品顶戴，同时让曾国藩代理湖北巡抚。圣旨送出不久，旁边有大臣冷冷地说：曾国藩以侍郎在籍，好似一般的平民，一介平民，能够一呼百应，恐怕不是国家的福音吧！咸丰听出了这句话的弦外之音，心里一惊，赶忙追补一道圣旨：撤除曾国藩代理湖北巡抚的任命，让曾国藩改任兵部侍郎显然，咸丰还是不信任曾国藩，不信任这个手握重兵的汉族书生。