船长们精心的安排了船员值班表，把每夜的时间分成三个时段，三批水手在午夜时分和临近破晓时进行两次轮换，而且值夜班的水手每三晚可以安心的睡一晚。麦哲伦还将他的船员分成小组。细致的组织划分和分工划分，可以称得上是现代海军组织结构的先祖。

有了制度还不够。为了让整支船队团结一心，麦哲伦必须显示他的勇敢。他下令自己的船特立尼达号开在整支船队的最前面，后续的船只根据特立尼达号上所发射的灯火信号而升降船帆。先锋船的处境往往是比较危险的，越是危险，越能显示领导者身先士卒的威武。麦哲伦25岁起就参加过战争，有过多次身先士卒的勇敢事迹，也曾因为船队触礁而困居孤岛。麦哲伦绝不缺乏勇气，然而，麦哲伦这种冲在前面的精神，却为后来他的悲剧埋下了伏笔。

航行的第一段旅程大体是沿着当年哥伦布走过的路，穿过大西洋，去向南美洲。向所有远航的队伍一样，这段路程的难点在于跨越赤道一带。赤道是南北两个半球环流系统的交汇之处，这里要么天气多变风暴不息，要么就炎热无风。前一种情况可能樯倾楫摧，后一种情况则会把帆船困住。

根据麦哲伦的书记官皮加费塔记载，显然，他们遇到的是前一种暴烈的情况。天气多变，风向不利，而且船员们遭遇了风暴、逆风和逆向的洋流。最终，他们花了70天的时间到达了沃金，也就是今天的里约热内卢。在这里他们补充了物资，补给品相当棒：家禽、小牛肉、菠萝、热带水果。麦哲伦并不知道什么时候才能再次得到如此丰厚的补给。

在麦哲伦起航的六年之前，巴拿马的一个叫做巴尔沃亚的西班牙人在美洲大陆的西端望见了一片壮丽的海洋，然而，怎么才能到达这片大洋呢？这正是麦哲伦下一阶段的目标。

船队继续向南开，不久就遇到了陆地向西转折的岬角。从大陆的形状来看，这里似乎正是麦哲伦所要寻找的海角。然而当船队向西航行的数天之后，船员们发现浮起船只的水，并不是海水，而是淡水。尽管对于船员们来说，在海洋上没有比淡水更珍贵的资源，但是淡水的发现对于麦哲伦来说却是一个打击。

因为这意味着他们所航行的方向，并不是一个海峡，而是一个巨大的河口。事实上，这里是拉普拉塔河的入海口，这条大河分割了今天的乌拉圭与阿根廷两个国家，也是南美洲仅次于亚马逊河第二大河流。今天，阿根廷的首都布宜诺斯艾利斯就在入海口的位置。

经历了这次失败，麦哲伦仍然坚定地率领船队向南。此时，两个新的困难出现在麦哲伦面前。

第一重困难是冷。

时间已经到了1520年的3月31日，这个时间，北半球的温带地区马上就要春暖花开，然而在南半球的，这里却正是寒冬将至的时间。卡拉克帆船上并没有足够的舱室容纳所有船员，大多数船员露宿在甲板上。严寒迫使船队驶入圣胡立安港停留，这里的纬度是南纬49.3度。停泊，却不意味着物资充裕。船员们们身侧的陆地相当的荒凉，以致于麦哲伦不得不减少了每位船员的食物配给，并且宣称船队必须依靠打猎和捕鱼来度过寒冬。

今天，我们称这个荒芜之地为巴塔哥尼亚。巴塔哥尼亚高原的东西平均宽度不超过450公里，（大体相当于北京市到河南省北端的安阳市），是夹在两片海洋中的狭长高原。然而，左右都是海洋的巴塔哥尼亚高原年均降水量不超过300毫米――要知道，乌鲁木齐的年均降水量是311毫米，巴塔哥尼亚高原的年均降水量甚至略低于乌鲁木齐，而乌鲁木齐距离渤海足足有2530余公里之遥，到印度洋的距离也在2400公里以上。

而且巴塔哥尼亚高原风力强盛，沙尘不断，呈现出半荒漠的荒凉。为什么？

这是因为巴塔哥尼亚处于南北35度以南，这个地区，正好是大气环流当中的西风带。西风从太平洋方向吹来，向东贯穿南北大陆。然而在南美的东海岸附近，有着高耸的安第斯山脉。从太平洋方向吹来的湿润的空气在安第斯山脉处上升，并且形成了大量的降雨。当西风越过了安第斯山脉时，空气迅速的下降。一般来说，只有空气上升且遇冷才可能形成降雨，而气流下沉的地方很难形成降雨。翻过了巴塔哥尼亚沙漠的西风，风力所及之处相当的干燥，在南半球的夏季更是干热非常。山脉的迎风面温暖而湿润，山脉的背风面干燥荒芜，这就是大自然造就的“不公平”。

寒冷和困顿带来了第二重困难，叛乱的迹象已经渐渐显现了。

船员们的耐心已经竭尽了。几位船长已经意识到，这次航行的任务是极为艰巨的，因为谁也不知道南美大陆会向南延伸出多远。此外，船长们也并不信任他们的葡萄牙人总指挥。

麦哲伦决定用自己的激情与决心感染船长们。他召开会议，告诉船长们，他决心是：要么完成这一创举，要么就葬身大海。这是正面的逼迫。

麦哲伦还强调，从六分仪上的数据看，他们所到之处虽然遥远，但也只比好望角往南四个纬度。如果在这里停止前进并且折返，无疑意味着西班牙的船员输给了葡萄牙水手。要知道，他们的葡萄牙竞争对手们早已将越过好望角当成家常便饭。这是麦哲伦侧面的激将计。

最后，麦哲伦许诺：一旦能够成功地绕过南美大陆，就很有可能会发现一个香料与黄金遍地的新世界。

在极度的困顿与死亡的威胁面前，逼迫、激将、画饼都没有用了。在语言没有感染力时，鲜血才有意义。随时可能发生的哗变对麦哲伦而言既可能是摧毁这次探险活动的灾难，也可能是靠鲜血“说服”船员的机会。我很想知道，在这位心如铁石的航海家心里，面对着极度的困顿，他到底是希望尽可能地防止哗变，还是希望通过一次杀戮重树权威？

仅仅在船队停泊的第二天，1520年4月1日，一名叫做卡塔赫纳的船长登上了圣安东尼奥号帆船，拘押了这艘船的船长。麦哲伦派出了船队的纠察队长登上叛乱的圣安东尼奥号进行谈判。怎么谈呢？麦哲伦清楚，无论是靠许诺还是威胁，他的使者都没有说服对方的资本。所以谈判是以这样的方式进行的：纠察队长一刀捅死了叛乱的船长之一门多萨。