1758年，国王若泽一世遭到刺杀未遂，蓬巴尔侯爵下令逮捕阿威罗、塔沃拉两个贵族家族成员，对他们严刑拷打，最终逮捕一千多人，并将主要贵族人士处决。而刺杀的原因据说是因为国王和塔沃拉侯爵夫人有染――无论如何，侯爵和侯爵夫人均被处死。蓬巴尔还把罪责推到耶稣会头上，宣布耶稣会参与了刺杀阴谋，于1759年将耶稣会予以驱逐。马拉格里达神父坚贞不屈，被宗教裁判所火刑处死――这是葡萄牙宗教裁判所最后一次执行火刑，此后这个机构本身也成了被改革掉的对象。

宗教裁判所执行火刑的场景

通过残酷的铁腕统治，蓬巴尔将一切反对派治得服服帖帖。之后，他的大改革就启动了。

一是政府和宗教改革。残酷地镇压耶稣会，驱逐一切耶稣会士，取缔耶稣会教堂、学校，把国家从耶稣会士的支配下解放出来。由于耶稣会在民间享有盛誉，他就编写大量小册子，诬蔑耶稣会搞阴谋，妄图推翻葡萄牙政权。他让王权支配教权，规定国王有权任免教士、设废教堂，事实上建立了民族教会。他虽然反对放弃天主教、改信新教，但对教皇却并不尊重，甚至不惜于1760年对教皇克莱芒十三世宣战，逼得教廷不得不于1773年取缔耶稣会，并与葡萄牙讲和（1776年）。他对旧贵族阶层搞大清洗，提拔了不少新贵和商人阶层出任要职，实现了阶层良性流动。

二是经济改革。为了保护民族产业，他奉行重商主义，严厉禁止黄金出口，大力奖进罚出，尤其是限制英国货进口，用其他国家的进口货代替英国货。设立财政部，理顺了财政体系。建立国家商船队，有124艘船，发展航运事业。他建立多家垄断性企业，由王室授权专营，私人入股经营，以发展殖民地和本土特色产业，对葡萄酒尤为上心，作为支柱产业来发展。全国各地被划分为不同的农业专门产区：巴西一带种稻米、棉花、咖啡豆、甘蔗，本土重点发展葡萄及酿酒行业。尽管“葡萄牙”纯属汉语音译，但该国确实生产优良的葡萄酒，蓬巴尔侯爵功劳极大。

葡萄牙“波特”葡萄酒。葡萄酒产区制沿用至今，成了一些名牌酒的名片

三是教育文化改革。人的思想是葡萄牙落后的根本原因，蓬巴尔侯爵对此十分了然。在驱逐耶稣会后，他大力改革教育，对大学教学体制进行整顿，推行德意志大学教学法，编译外文教材，鼓励实验方法，让医学生接触真正的病人、尸体，而不是解剖死羊。他设立许多中小学，但这些学校并不培训工人和农民的子弟，只有更高阶层的人才能上学。当时全国的中小学老师不到一千名。尽管改革并不彻底，但葡萄牙现代教育体系就此奠定。

科英布拉大学化学实验室，蓬巴尔时代所设立

四是调整民族政策。葡萄牙自古有大量犹太人生活，在15-16世纪他们度过了一段开明的时光，许多人改宗了基督。但17世纪以后，这些“新基督徒”遭到了残酷的迫害，许多人被禁止从事政治或教育，常常被诬陷为阴谋的主犯，许多人逃离了这个国家。蓬巴尔下令取消一切歧视新基督徒的法律，对他们平等对待，从而留住了大量的犹太裔精英。据说，当一位法官向国王提议让“新基督徒”戴白帽以示隔离时，蓬巴尔拿出了两顶白帽，一顶给自己戴，一顶给国王戴。此外，葡萄牙还取消了本土奴隶制和亚洲种族歧视制度，但南美殖民地的奴隶制依然保留下来。

1777年若泽一世国王死后，女儿玛丽亚一世（1777-1799）继位。她贬斥蓬巴尔侯爵，迫使其辞职。1782年，蓬巴尔侯爵死于家中。

1770年受封侯爵的蓬巴尔

残酷到血腥的葡萄牙改革，让这个一度光荣的国家再度发展起来。尽管错过了最佳时机，但葡萄牙还不算耽误了欧洲近代化的列车，终于在18-19世纪之交大变革的时代保住了大多数民族利益。

从世界范围来看，改革家往往没有好下场：生前遭各方围攻，死后又背上骂名。蓬巴尔侯爵残酷的集权，在葡萄牙一直备受诟病。然而，没有这样的权力，也就不可能实现改革的理想，没有这样一位杰出政治家的推动，国家只会继续落后、沉沦下去。对于葡萄牙来说，蓬巴尔这样的人不是太多，而是太少了。